Le Secrétariat Exécutif, sous l'autorité du Conseil des Ministres, est l'organe de coordination des différentes activités opérationnelles de EAA. Il est dirigé par le Secrétaire Exécutif nommé par le Conseil des Ministres. Le Secrétariat Exécutif coordonne les programmes et les activités des trois organes opérationnels à savoir la Fondation, le Centre de Recherche et de Compétence, et le Groupe d’Entreprise et d’Investissement.